在储存扫描影像时您可以选择档案格式。 您需要选择一个适合扫描影像所使用方式的格式和将要使用的应用程序。 不同应用程序和计算机系统（windows，macintosh）的格式可以进行不同的处理。 以下说明每种档案格式的特性。

    bmp 档案

    此为用于 windows 的标准位图格式。 几乎所有的 windows 应用程序皆可支持。 此格式通常用于只会在 windows 中使用的影像档案。 通常文件名称后面会跟着 [*.bmp] 这个扩展名。

    pict档案

    这是用于macintosh系统的标准图形档案格式。 大多数macintosh应用程序都支持此格式。 如果您将此格式用于仅通过macintosh系统进行处理的影像，则不太可能碰到问题。 在canoscan toolbox的windows版中无法选择此格式。

    jpeg 档案

    joint photographic experts group（iso 副组织） 主张使用此影像格式。 网站和数字相机经常使用此影像格式。 此格式的主要特性为具有高压缩率，压缩率可达源文件大小的 1/10 到 1/50。 然而，它使用的是无法复原或是有可能会遗失压缩的方法；会遗失部份资料而且无法复原。 因此，影像品质多少会受到影响。 所以当影像被开启、编辑与储存数次之后，影像品质恶化的情况会逐渐明显。 通常文件名称后面会跟着 [*.jpg] 这个扩展名。

    当影像类型设定为「黑白」时，您无法选取此选项。

    exif档案

    这是数字相机档案exchangeable image file format（可交换影像文件格式）的缩写，是由日本电子工业发展协会推广的一种标准档案格式。 许多数字相机都使用这种标准档案格式。 此档案格式在jpeg档案格式中增加了拍摄日期、相机型号、快门速度、情景捕获类型和使用者注释等信息，并与jpeg档案兼容。 这些档案同样以".jpg"作为扩展名。 若要使用支持直接打印功能的打印机，则档案格式版本必须是exif 2.2或更新版本。 canoscan toolbox可以以此格式创建档案。

    tiff 档案

    标记影像档案格式 （tagged image file format）的简称，此格式可用于不同的计算机作业平台，以及许多的应用程序，高度的兼容性使它在图形档案格式中的评价很高。 然而，有时它也有可能会包含不兼容的资料，原因是它会将称为标记（控制影像如何解压缩） 的资料新增到档案的开始。 通常文件名称后面会跟着 [*.tif] 这个扩展名。

    pdf 档案

    可携式文件格式（portable document format） 的简称，此格式是由 adobe systems inc. 所开发，而且是以用于读者程序（adobe acrobat reader / adobe reader） 的 postscript（页面说明） 语言为基础，用于检视与打印影像。 adobe acrobat reader / adobe reader 以免费软件形式发行，而且由于能够用于不同的计算机平台以及操作系统，因此使用不同操作系统与字型的使用者仍然能够交换 pdf 檔。 此外，该档案的大小相对来说会比较小，使得 pdf 档案非常适合在网络环境中使用。

    1 photostudio 档案

    photostudio 修改程序的专有档案格式。 windows版本使用".psf"档案扩展名。 此格式可以分别储存各层*，但是储存结果与jpeg格式和其它通用档案格式不兼容，且一般不能用其它修改程序进行处理。 若要使影像能用于其它程序，首先将各层合并并用[储存新档]选单以通用格式（如jpeg格式）储存影像。

    2 层是指包含影像或部分影像的透明片，可单独处理，或与其它层结合以形成一个影像。