同时，考勤异常查询和报表中还可以对考勤中出现的异常情况进行查询和修改，共有考勤记录异常情况、班次异常情况、其他异常情况和考勤统计四个操作界面。考勤记录异常情况主要查看原始记录是否异常并对考勤记录状态进行修改；班次异常情况主要查看迟到早退和旷工情况，并可以在此页面中设置请假公出和进行忘签到签退处理；其他异常情况主要处理加班和外出；考勤统计中生成了所有统计项目的报表。
点击主界面上的查询/打印菜单下的考勤异常查询与报表选项，弹出如下界面：
单击显示/隐藏按钮，右边的工具栏会相应的显示或隐藏。
异常情况共分三类：考勤记录异常情况、班次异常情况、其它异常情况。
单击考勤记录异常情况标签页，选择部门、员工以及起止时间，点击“查询计算”按钮，出现如下界面：
系统对考勤记录根据所设定的规则、班次、计算方法去判断状态是否正确，系统把落在时间段设置中设置的签到、签退时间范围之外的记录全部判定为无效。例如图中苏东方3月4日的签到记录被判定为无效记录，并且当天它只有一条记录，这样系统统计时会认为它旷工，这可能与事实不符，这种情况下，管理员需要了解该员工是忘签退还是外出没能签退，如果忘签退，补一条签退记录，如果外出在员工请假中添加外出。
系统能自动把能够判断的记录更改为正确状态，更正状态栏中就是系统已经更改完的状态，统计时将以此状态进行统计。
工具栏：
改变表示颜色：可以改变各种状态的显示颜色，单击此处出现如下界面
在每种状态前的颜色块上单击，在出现的界面上可以选择需要的颜色，选中后单击“确定”按钮保存。
改变过滤条件：确定显示框中显示那种状态的记录，单击此处出现如下界面：
打勾的表示选中状态，会在显示框中显示，通过单击状态项可以在选中与不选中之间切换。
修改为新的状态：可以将选中的记录现有状态改为选择的状态，选择一条记录，单击此处出现如下界面：
由于图中都是上班签到记录，所以上班签到状态不可用，可以在其它状态上单击来选中。
删除该考勤记录：可以将选中的考勤记录标记为删除状态，使用此功能后，工具栏中会增加两项，界面如下：
应用所有设定的操作：选择此项后，在这之前所有设定的显示在操作栏中的操作将生效。
取消所有设定的操作：选择此项后，在这之前所有设定的操作无效，操作栏中所列的操作将消失。
取消对当前记录的操作：只取消对当前记录所做的操作。
将所有智能排班的记录改为加班记录：将系统智能排班的记录改为加班记录。
忘签到签退处理： 和考勤处理中的操作一样。
查看记录修改日志：和查询/打印中的出勤记录里的操作相同。
在查询记录显示窗口，单击右键出现菜单如下：
导出数据： 和界面上的“数据导出”按钮的功能一样，将查询的数据记录导出显示界面如下：
其它的操作和前面的导出数据一样。
生成当前数据报表：和“报表预览”中的生成当前数据报表功能相同，将查询到的考勤记录以报表格式输出，界面如下：
可以将报表打印输出、保存，在表格中查找等操作。
复制数据（从开始到当前位置）：直接将查询到的记录结果复制，从开始复制到当前位置，然后可以直接到execl表格中粘贴。
复制数据（从当前位置到结尾）：直接将查询到的记录结果复制，从当前位置复制到结尾，然后可以直接到execl表格中粘贴。
数据列：选择在查询窗口中显示的项目名称，单击后弹出如下菜单：
打勾的表示显示的字段，可以通过单击相应的字段名来改变选中状态。
显示全部列：数据列中所有的项目名称都会在查询窗口中显示。
隐藏全部列：数据列中除姓名外的所有的项目名称都不显示在查询窗口中，只显示姓名。
保存数据列设置：可以将当前查询窗口中显示的项目名称保存起来，以后直接通过载入数据列设置就可以使用了。
载入数据列设置：按保存的数据列设置来显示项目。
报表预览：单击“报表预览”按钮，弹出如下菜单：
选取您需要统计的报表，就可以生成您需要的报表。在计算过一次之后，再生成其他报表时无需再计算。
每日考勤统计表的格式如下：
可以在窗口中输入待查文本，系统将自动将查找到的结果显示到显示栏中的左上角。
考勤统计总表格式如下：
部门考勤统计总表格式如下：
员工上下班时间表格式如下：
您还可以生成当前数据的报表，弹出窗口如下：
单击班次异常情况标签页，出现如下界面：
改变表示颜色：为了更好区别各种显示状态，可以对各种状态的表示颜色进行更改。
过滤异常情况：单击此处，出现选择菜单，可以选择哪些异常情况显示，哪些不显示，打勾的表示选中，是要显示的异常情况。
过滤时间段：单击此处，出现选择菜单，可以选择显示哪些时间段的异常情况，时间段名称前有“√”，表示选中，显示该时间段的异常情况。
设置请假/公出：和考勤处理中的设置请假/公出操作相同。
单击其它异常情况标签页，出现如下界面：
如果考勤规则中对外出和加班状态规定的是要进行审核，那么已审核状态栏是空的，如果规定了状态，已审核状态栏中会出现相应的状态。
还原为审核之前的状态：只对已审核过的记录有效，将记录状态还原为审核之前的原始状态。
所有加班无效：异常中显示为加班的记录都作为无效记录处理。
所有自由加班有效：系统对没有排班人员的考勤记录判定为自由加班，如果选中此项，所有系统判断的自由加班都会显示为加班。处理后结果界面如下：
已审核状态栏中，状态显示为加班，并且新显示了两项。
保存审核记录：对已做的审核进行确认，将被审核记录的状态变更为已审核的状态。
取消本次审核：不保存已做的审核，将被审核记录的状态保存为原始状态。
所有外出都记为因公外出：将所有的外出记录都认为是因公外出。
取消所有因公外出：将所有的因公外出记录取消，认为是一般外出或根据实际情况去处理。
设置该记录无效：将选中的记录状态更改为无效。
单击考勤统计标签页，出现如下界面：
显示的是统计结果列表，在显示框中单击右键，出现菜单：
操作方法和前面的完全相同。